ペア(2人構成)で攻略出来たので、攻略中に気づいたことを書き記していこうと思います。
4人固定が組めない方で募集で何時間ぶっ通しでやるのはつらいという方はぜひ挑戦してみてください。
なお、以下の記事に書いてあることは基本的に省略します。

□アメノミハシラ:100階踏破に向けての攻略 予備知識編

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◇ペア攻略難易度について

もちろん確実に4人での攻略よりは難易度が高いですが、土器運が良くなければクリアできない運ゲーレベルの難易度ではないです。
実際にクリアした時は、21階からアイテム回収をきっちりしていたのにリレイズが2個しかなく、71階から99階まで魔石と敵石化、81階から99階までは魔法効果解除が1つも出ないという比較的土器に恵まれていない展開でした。


◇構成について

私のクリア時の構成は上図のようにナイト占星術師でしたが、タンクとヒーラー(or赤魔)という組み合わせならどのジョブでも難易度にそこまで差がないと思われます。
しかしながら、ヒーラーがいない構成ではかなりの量の天之秘薬が必要になるでしょう。


◇基本的な攻略指針

浅い階でアイテムを回収し、71階以降は転送装置が開き次第上って行くのは4人PT攻略と一緒です。

しかしながらペア攻略では本当に時間が足りません。
ペア攻略の最大の敵は制限時間と言っても過言ではありません。

91階以降が顕著で、91階以降は転送装置がなかなか起動せず敵が強いので、魔土器なしでまともに攻略すると1フロア8分~10分ほどの時間がかかり、とても60分でクリアすることが出来ません。
従って、91階突入時にフロアをほぼスキップできる敵石化と魔石が最低でも合計3個以上ないとかなり厳しいです。これらの使用を阻害する魔法効果解除も最低2個は欲しいところです。

4人PT以上に91階に敵石化、魔石、魔法効果解除を残すことは重要です。
81~90も時間がかなり厳しいですが、他の魔土器を使ってでもこれら3種は出来る限り残しましょう。

私の場合は、81~90を自己強化、敵変化、敵排除などを駆使して敵石化と魔石を一度も使用せず3つずつ温存できたので、91階からは楽々でした。(先述の通り、81~90では敵石化と魔石は一度もドロップしませんでした)


◇タイムテーブルについて

上記の通り、ペア攻略は71階からは制限時間との戦いになってきます。
1フロアの探索に5分半、ボスの討伐に10分半かかるとしてタイムテーブルを組むなら以下のようになります。

 第1フロア突破目安 残り54:30
第2フロア突破目安残り49:00
第3フロア突破目安残り43:30
第4フロア突破目安残り38:00
第5フロア突破目安残り32:30
第6フロア突破目安残り27:00
第7フロア突破目安残り21:30
第8フロア突破目安残り16:00
第9フロア突破目安残り10:30

例えば73階をクリアした時の残り時間が43:30以上ないと、間に合わなくなる可能性があるということです。
時間切れを防ぐためにもフロアを上る度に残り時間を気にかけましょう。


◇攻略時間を短くする方法について

攻略中に時間が足りなくなりそう……と思ったら早めに魔土器を使って対処しましょう。
例えば78階を終えた時点で残り9分しかない……という状況になったら79階で貴重な敵石化や魔石を使わざるを得なくなります。もっと早くから他の魔土器で時間短縮を図っていればこれらを節約できます。
使用できる魔土器は以下のものが考えられます。

・自己強化/敵弱体
単純に与ダメージが上がるので攻略時間の直接的な短縮が見込めます。
なお、自己強化はタンクヒラのペア攻略の時はヘイト保持のためにもタンクが使用しましょう。

・防御強化/敵弱体
被ダメージが減少すれば回復行動にかける時間を攻撃に回すことができます。
また、多くの場合で防御スタンスを切ることができるでしょう。

・敵排除
次のフロアにおいて、転送装置が開くまでの必要討伐数を下げる効果があります。

・サイトロ
転送装置のある部屋がわかるのも時短に役立ちますが、地雷を逆利用して敵のHPを大幅に削ることを狙えます。その時はスタンや防御バフ、無敵スキルなどで地雷即AAで即死しないように。

・敵変化
上手くコリガンに変わってくれた時のリターンは大きいです。
解呪やバニシュがあるのなら十分に選択肢に入ります。
81階以降の敵は、解呪さえあれば巡回もしないミミックの方がむしろ弱いことが多々あります。

・天之秘薬
魔土器ではないですが、記載しておきます。
戦闘中にリキャ毎に飲むことでそれだけヒーラーが攻撃できるので結果的に時間短縮になります。


◇敵との戦闘について

まず、ペア攻略はどちらかが死んだ時点で4人PT以上に全滅の危険が高まります。
71階以上の敵の情報は全て頭に入れておきましょう。

□アメノミハシラ:71~80の攻略 
□アメノミハシラ:81~90の攻略 
□アメノミハシラ:91~100の攻略 

ここで気をつけないとならないのはペア攻略では火力が足りず、4人PTの時にはまず見ない攻撃パターンに対処しなければならないということです。
例えば71~80のアメノ・ヤクは4人PTではただAAをしてくるだけの可愛い動物ですが、ペア攻略では高確率で引き寄せ+強ヘヴィからのホリゾナスブラストが来るので、知らなければ全滅の危険があります。

※ペア攻略で特に注意が必要な敵一覧

■71~80


アメノ・ヤク
:ホリゾナスブラストを沈黙で止める必要があります。また、ホリゾナスブラスト前の強ヘヴィでアメノ・ユキトカゲのAoEが回避不可になるので、ユキトカゲは先に排除しましょう。

アメノ・ジュジシ
:ウィンターウィンドをスタンで止める必要があります。

アメノ・ユキオトコ:猛吹雪をスタンか沈黙で止める必要があります。


■81~90

アメノ・ガルラ
:地震前に倒すのはほぼ不可能で地震が確定で6連続で来ることになり、かなりヒールがきついです。

アメノ・アララギ:倒すまでに時間がかかるので、かなりの回数のグゥーブーリリーフを撃たれヒーラーの毛根を直撃します。ヒーラーなし構成では絶対に触れてはいけません。


■91~100

アメノ・ヌツヘツホウ(戦士)
:4人PT時と違い倒すまでに2回~3回のフェルクリを撃たれます。クリると忠義盾ナイトにすら4万オーバーでAAと重なると即死級です。単純な戦闘能力では91~100では最強です。視覚感知なので出来る限り触れないこと。

アメノ・クビナシ:まともに戦うと火力不足で最大まで巨大化を許しかねない強敵です。巨大化3段階目までに倒さないと全滅です。特に妖霧の時は自己強化や敵弱体が無いとかなり厳しいです。

アメノ・ミフネ:4人PTでも避けるべき敵ですが、ペアでは余計に危険です。必ず壁を利用してヴァルファズルを回避しましょう。失敗してヒーラーが一撃死すると全滅の危機です。

4人PT攻略時と違い、目の前にいる敵全てと戦うのではなく戦う敵の選別もしっかりしましょう。
ヘイト1位への単体物理攻撃を持つ敵はヒーラーの負担が大きく、ヒーラーがなかなか攻撃できないため、なるべく単体攻撃力が低い敵を選ぶと時間短縮にも役立ちます。
71~80でいうなら、アメノ・オオカミアメノ・トウフと戦うのはなるべく避けた方がいいです。

戦闘は火力重視です。
タンクの場合、防御スタンスとヘイトコンボで安全に……なんて言ってたら上層ではまず間に合いません。
単体攻撃力が低い相手には攻撃スタンスを入れ、防御バフをしっかり回していきましょう。もちろんターゲットは一切飛ばしてはいけません。

また、当然ボスでヒーラー(赤魔)が死に、その時点でリレイズがかかっていない場合はヒーラーを蘇生させる手段はありません。慎重に行動しましょう。
特に90階ボスは油断すると死にやすいので、リレイズを割っておくと安心できます。


◇オーディンの魔石を拾った場合

運よくオーディンの魔石を拾った場合、90階ボスにぶつけましょう。一撃で倒すことができます。
これは90階ボスが強いからオーディンでスキップしましょう、というよりは81階~89階の攻略を楽にするためと言えます。
81階~89階を1フロア5分30秒ペースで上るのはかなりきついですが、ボスをオーディンで一撃で倒すのならボス部屋に確保している時間が丸々浮くので、1フロア6分30秒ペースでも間に合うことになります。
もちろん81階~89階を魔土器消費なしで早く上れている場合は、91階以降に取っておいた方がいいです。